《高校畢業(yè)生就業(yè)協(xié)議書》與勞動合同是用人單位錄用畢業(yè)生時所訂立的書面協(xié)議，但兩者分處兩個相互聯(lián)系的不同階段，表現(xiàn)在：
第五條 畢業(yè)生與用人單位對就業(yè)協(xié)議的成立，有其他約定的，須在就業(yè)協(xié)議書中注明。例如：用人單位進(jìn)人需要經(jīng)人事主管部門核準(zhǔn)的，應(yīng)當(dāng)在協(xié)議書中約定，核準(zhǔn)后就業(yè)協(xié)議成立。
1、主體不同
就業(yè)協(xié)議適用于應(yīng)屆畢業(yè)生與用人單位、學(xué)校三方之間，學(xué)校是就業(yè)協(xié)議的見證方或簽約方，就業(yè)協(xié)議對用人單位的性質(zhì)沒有規(guī)定，適用任何單位;而勞動合同只適用于勞動者(含應(yīng)屆畢業(yè)生)與用人單位(不含公務(wù)員單位和比照實(shí)行公務(wù)員制度的組織和社會團(tuán)體以及軍隊(duì)系統(tǒng))之間，與學(xué)校無關(guān)。
2、內(nèi)容不同
畢業(yè)生就業(yè)協(xié)議的內(nèi)容主要是畢業(yè)生如實(shí)介紹自身情況，并表示愿意到用人單位就業(yè)、用人單位表示愿意接受畢業(yè)生，學(xué)校同意推薦畢業(yè)生并列入就業(yè)方案，而不涉及畢業(yè)生到用人單位報到后，所享有的權(quán)利義務(wù)。勞動合同的內(nèi)容涉及勞動報酬、勞動保護(hù)、工作內(nèi)容、勞動紀(jì)律等方方面面更為具體，勞動權(quán)利義務(wù)更為明確。
有的用人單位準(zhǔn)備了至少兩份合同，其中一份是假合同，內(nèi)容完全按照有關(guān)部門的要求簽訂，以應(yīng)付有關(guān)部門的檢查，可在勞動過程中并不照此執(zhí)行，真正執(zhí)行的可能是另一份合同
3、時間不同
一般來說就業(yè)協(xié)議簽訂在前，就業(yè)協(xié)議應(yīng)在畢業(yè)生就業(yè)之前簽訂，而勞動合同往往在畢業(yè)生到用人單位報到后才簽訂。
在實(shí)習(xí)期間學(xué)生并不能享受到工資、最低工資、工傷、社會保險等勞動法法定的保障，雙方權(quán)利義務(wù)基本靠實(shí)習(xí)協(xié)議來自行約定，受教育法規(guī)及民事法規(guī)的保護(hù)。而就業(yè)協(xié)議指向未來勞動合同，所列明的未來勞動合同內(nèi)容不得違反勞動法，但為保障勞動關(guān)系的建立則可約定違約金，如學(xué)生未到單位報到則應(yīng)支付違約金并簽署解約協(xié)議以便于下一次就業(yè)。
應(yīng)關(guān)注報到日期、未來勞動合同的期限、試用期、薪酬、崗位、福利、違約金等，這些都是未來勞動合同的主要內(nèi)容，涉及雙方根本利益。
第五條 違約責(zé)任 雙方當(dāng)事人如違反合同約定，違約方應(yīng)當(dāng)對守約方承擔(dān)賠償責(zé)任．
4、目的不同
就業(yè)協(xié)議是畢業(yè)生和用人單位關(guān)于將來就業(yè)意向的初步約定，是對雙方的基本條件以及即將簽訂的勞動合同的部分基本內(nèi)容的大體認(rèn)可，并經(jīng)用人單位的上級主管部門和高校就業(yè)部門同意，一經(jīng)畢業(yè)生、用人單位、高校、用人單位主管部門簽字蓋章，即具有一定的法律效力，是編制畢業(yè)生就業(yè)方案和將來雙方訂立勞動合同的依據(jù)。
三要在勞動合同中明確最低的工資標(biāo)準(zhǔn)，最好能將年終獎用條款固定下來，作為工資的一部分。由于我國暫時沒有對年終獎定性，這個法律空白有可能被用人單位利用，將來成為克扣薪水的一種方式;
就業(yè)協(xié)議書在畢業(yè)生到用人單位報到時自動終止其效力;勞動合同的終止條件有兩種：一是勞動合同期限屆滿，二是勞動合同約定的終止條件出現(xiàn)。
勞動合同可以適用與各類人員。凡是中華人民共和國國公民只要有勞動能力并符合法律規(guī)定的條件，經(jīng)過供需見面雙向選擇，一經(jīng)錄用都可以與用人單位簽訂勞動合同。就業(yè)協(xié)議只適用與高校畢業(yè)生。
5、適用法律不同
就業(yè)協(xié)議發(fā)生爭議，除根據(jù)協(xié)議本身內(nèi)容之外主要依據(jù)現(xiàn)有的畢業(yè)生就業(yè)政策和法律對合同的一般規(guī)定來加以解決，尚沒有專門的一部法律對畢業(yè)生就業(yè)協(xié)議加以調(diào)整。而勞動合同發(fā)生爭議，應(yīng)依據(jù)《勞動法》來處理。
